De Christmas Island fregatvogelis de zeldzaamste endemische zeevogel van Christmas Island en staat vermeld als Kwetsbaar onder de Environment Protection and Biodiversity Conservation Act 1999 (EPBC Act). In Australië komt de soort uitsluitend voor op Christmas Island, waar hij broedt in terrasbossen binnen slechts drie kleine gebieden met een gezamenlijke oppervlakte van ongeveer 170 hectare.
De totale populatiegrootte werd voor het laatst geschat in het begin van de jaren 1980 op ongeveer 1.620 broedparen. De maximale populatiegrootte is onbekend, maar aanzienlijke delen van het voormalige broedhabitat zijn verdwenen door ontbossing. Waarschijnlijk was de soort talrijker voordat deze leefgebieden verloren gingen.
De broedgebieden van de Christmas Island fregatvogel worden nu bedreigd door de invasieve Crazy Ant (Anoplolepis gracilipes). Deze mieren vormen een directe bedreiging voor broedende vogels en hun nesten, evenals voor de bomen waarin ze nestelen. De Crazy Ant vormt een acute en ernstige bedreiging voor het voortbestaan van deze en andere vogelsoorten op Christmas Island.
Een groot deel van de broedkolonies bevindt zich buiten het nationaal park en geniet geen formele bescherming. Andere bedreigingen voor de instandhouding van de Christmas Island Gent zijn vervuiling door fosfaatmijnbouw, die een broedgebied heeft aangetast, en het risico van catastrofale vernietiging van broedkolonies door bosbranden of cyclonen.
