De Boninduif werd ontdekt op een van de Bonin-eilanden in 1827 door kapitein Beechey tijdens de reis van de “Blossom.” Door de onredelijke vertraging bij het voltooien van het gedeelte over de weekdieren werden de resultaten van de reis pas in 1839 gepubliceerd, toen deze interessante vogel de naam Columba metallica kreeg (Vigors, Zool. Captain Beechey’s Voyage, p. 25).
In de tussentijd vonden echter twee gebeurtenissen plaats die het gebruik van deze naam onmogelijk maakten. In 1828 bracht F. H. von Kittlitz twee weken door op de Bonin-eilanden en ontdekte daar ook de vruchtenduif die specifiek voor deze eilanden is. Hij illustreerde en beschreef deze in 1832 onder de naam Columba versicolor. Niet alleen werd de naam van Vigors door die van Kittlitz voorafgegaan als gevolg van de vervelende vertraging, maar bovendien werd deze naam volledig ongeldig gemaakt door de onafhankelijke toekenning ervan in 1835 aan een andere soort vruchtenduif van het eiland Timor (Temminck, Planches Coloriées, nr. 562).
Een derde naam, Columba kitlitzii, werd in hetzelfde jaar aan de Bonin-soort gegeven (Temminck, Planches Coloriées, pagina volgend op tekst bij nr. 578). De opvatting dat deze naam werd toegepast op de Japanse soort (Schlegel, Mus. Pays-Bas, iv. Columbae, p. 74) is duidelijk onjuist.
Een vierde naam werd eraan gegeven in 1858 (Kittlitz, Denkwürdigkeiten einer Reise nach dem Russischen Amerika, nach Mikronesien und durch Kamtschatka, II, p. 175), toen werd voorgesteld om de naam Columba iris te vervangen door Columba versicolor.
De Boninduif heeft een roze-paarse borst, vergelijkbaar met de kleur van de kruin, en door een bleke keel. De soort is groter dan de Japanse variant (met een vleugellengte van 25 tot 28 cm vanaf het carpaalgewricht) en is over het algemeen veel bleker, zowel op de boven- als onderzijde van het lichaam.
De Laatste Vlucht van Columba Versicolor
Gedurende eeuwen bewoog Columba versicolor zich vrij tussen de dichte takken van de tropische vegetatie, waarbij zij zich voedde met de overvloedig aanwezige rijpe vruchten. Haar zachte gekoer weergalmde door de valleien, een natuurlijke klank die de dageraad inluidde en de schemering begeleidde. De soort kende geen natuurlijke vijanden en vertoonde geen angst, slechts de invloed van de wind die haar vlucht ondersteunde en de geur van rijpe vruchten die haar habitat kenmerkte.
Deze ecologische balans werd echter verstoord met de aankomst van de eerste Europese schepen aan de horizon. Met de komst van mensen werden invasieve diersoorten geïntroduceerd, waaronder ratten en katten, die een ontwrichtende invloed hadden op de oorspronkelijke fauna van de eilanden. Columba versicolor, die geëvolueerd was zonder de noodzaak tot defensieve strategieën tegen predatie, was niet in staat zich aan te passen aan deze plotselinge bedreiging. Haar nesten, voorheen veilig verscholen in het gebladerte, werden nu blootgesteld aan predatie en verstoring.
Daarnaast werd de soort een doelwit van jachtactiviteiten vanwege haar opvallende verenkleed en vlees. De geleidelijke ontbossing ten behoeve van menselijke activiteiten resulteerde in het verlies van essentiële habitats, waardoor de populatie van de soort verder afnam. Met het voortschrijden der jaren werd haar leefgebied steeds beperkter en nam de populatie af, totdat op een gegeven moment haar aanwezigheid volledig uit de natuurlijke omgeving verdween.
De vogelpopulaties van verschillende eilanden ten zuiden van Japan zijn ernstig uitgedund, en een van deze eilandengroepen, de Bonin-eilanden (Ogasawara), heeft meerdere unieke soorten verloren. Een van deze was de Bonin-duif, een grote, donkere vogel die in 1827 werd ontdekt tijdens de verkenningsreis van de HMS Blossom.
De soort lijkt tot rond 1890 te hebben overleefd, met het laatste bekende exemplaar dat in 1889 werd verzameld. De algemene onvoorzichtigheid van de vogel en het feit dat hij geen angst voor mensen vertoonde, hebben ongetwijfeld bijgedragen aan zijn ondergang. Er is zeer weinig bekend over zijn leefwijze, maar waarschijnlijk had hij goed bebost gebied nodig, waar hij zich vermoedelijk voedde met vruchten, zaden en knoppen.
De soort is bekend van Peel Island (Chichijima) en Nkondo-shima en leefde waarschijnlijk ook op andere eilanden van de Bonin-groep. Er lijken slechts drie exemplaren van de soort bewaard te zijn gebleven: één bevindt zich in het Natural History Museum in Londen, een tweede in Sint-Petersburg en een derde in Frankfurt.